Redouté par tout entrepreneur, un contrôle fiscal peut malheureusement tomber sans prévenir. L’une des missions de l’expert-comptable est de pouvoir vous accompagner si l’administration fiscale décide de procéder à l’inspection de votre comptabilité. Il vous aide alors à préparer sereinement toutes les pièces nécessaires à l’examen. Que comprend exactement un contrôle fiscal ? Peut-on l’éviter ? Quel est le risque si une erreur est observée ? Toutes nos réponses dans l’article.

Qu’est-ce qu’un contrôle fiscal ? Est-ce différent d’un examen de comptabilité ?

Un contrôle fiscal est une procédure dirigée par l’administration fiscale visant à contrôler l’exactitude des déclarations d’une entreprise ou ayany pour but d’identifier certains manquements, comme le fait de ne pas avoir régler un impôt dû.

Qu’est-ce qui peut entraîner un contrôle fiscal ?

  • la délation ;
  • les secteurs à risques : bars, restaurants, discothèques, btp, automobiles ;
  • des relations entre plusieurs sociétés ;
  • une déclaration contradictoire (entre la société et votre impôt personnel par exemple) ;
  • des ratios suspects (notamment un ratio de main d’œuvre important) ;
  • un dépôt tardif de vos déclarations fiscales.

L’entreprise inspectée est informée de la procédure via un courrier avec accusé de réception. Le contrôle fiscal ne commence généralement pas avant un délai de 48 heures. Dans les faits, un délai d’environ 15 jours est observé pour laisser le temps à la société de préparer les pièces.

Un examen de comptabilité est-il similaire à un contrôle fiscal ?

Un contrôle fiscal peut aussi s’effectuer à distance, on l’appelle alors « examen de comptabilité » tandis que pour un contrôle qui a lieu dans les bureaux de l’entreprise, on parle de « vérification de comptablité ».

Pour cet examen, vous devez fournir à l’administration le fichier des écritures comptables (FEC) sous 15 jours après la notification de l’étude. Dan les 6 mois qui suivent, les autorités fiscales comparent vos déclarations et vos comptes. Elles vous informent du résultat de l’examen et si des erreurs ont été constatées.

Lors d’un examen de comptabilité comme en cas de contrôle fiscal, vous pouvez vous faire accompagner par votre expert-comptable spécialiste du e-commerce afin d’aborder avec le plus grand soin cette vérification.

Quelles obligations fiscales et comptables pour un e-commerce ?

Comme pour toute entreprise, un suivi comptable rigoureux est nécessaire. Ne prenez pas cette partie de votre activité à la légère. Veillez à conserver toutes vos pièces comptables et vos justificatifs. Chaque vente doit être documentée avec précision avec les relevés des plateformes de paiement et les justificatifs de livraisons de biens.  

Les e-commerçants font face à des obligations fiscales spécifiques qui diffèrent du commerce traditionnel. La gestion de la TVA est notamment l’un des enjeux majeurs du secteur, car lorsque les ventes intracommunautaires dépassent le seuil des 10 000 € annuels, c’est la TVA du pays de destination qui s’applique. Et chaque pays fixe ses propres taux…

Gérer la TVA de vos ventes en ligne peut ainsi vite s’avérer chronophage. Surtout lorsqu’on enfile une casquette de comptable alors qu’on gère déjà son business e-commerce ! Pour ne manquer aucune échéance ou vous assurer de la conformité de vos déclarations, mieux vaut collaborer avec un professionnel qui pourra vous guider lors de chaque étape clé.

Comment éviter un contrôle fiscal pour votre site e-commerce en France ?

Remplir toutes vos obligations comptables et administratives

Cela peut paraître évident, mais si vous voulez éviter de faire l’objet d’un contrôle fiscal, vous devez vous assurer de tenir sérieusement votre comptabilité et de remplir l’ensemble des déclarations demandées : bilan comptable, liasse fiscale, déclaration de TVA, CFE, etc. 

Utiliser un logiciel de comptabilité fiable

Pour éviter les mauvais calculs ou les erreurs de recopie d’un document à un autre, mieux vaut utiliser une plateforme comptable complète et solide permettant d’effectuer des devis, et factures tout en générant les déclarations fiscales automatiquement. Une solution globale de facturation vous fait non seulement gagner du temps, mais évite aussi les erreurs de frappe qui peuvent avoir de regrettables conséquences.

Un conseil : assurez-vous que le logiciel a bien été conçu par des professionnels de la comptabilité expérimentés. Chez Amarris e-commerce, notre solution a été imaginée par des experts-comptables, membres de l’Ordre des Experts-Comptables.

Respecter les échéances fixées par les autorités

Attention, à bien respecter les échéances fixées par l’administration fiscale. Plusieurs retards successifs pourraient attirer l’attention.

Faire appel à un expert-comptable spécialiste du e-commerce

Pour être sûr de bien comprendre toutes les attentes de l’administration, mieux vaut confier le suivi de votre comptabilité à un expert-comptable spécialisé en vente à distance. L’avantage ? Plutôt que de chercher comment effectuer telle ou telle déclaration, vous avancez l’esprit serein et travaillez sur les points de différenciation de votre business : stratégie d’acquisition, logistique, recherche de fournisseurs, etc. En plus, vous bénéficiez de recommandations pour optimiser vos marges et votre trésorerie.

Comment se préparer à un contrôle fiscal pour une entreprise proposant de l’achat en ligne ?

Nous vous conseillons de ne pas attendre la venue des autorités fiscales pour mettre le nez dans vos dossiers.

Prenez un moment pour vérifier que vous avez tous les documents susceptibles d’intéresser l’administration :

  • fichier des écritures comptables ;
  • grand livre ; 
  • journaux ;
  • factures d’achat/vente, notes de frais, tickets ;
  • statuts ;
  • PV d’Assemblées Générales ;
  • relevés de comptes.

Aussi, pensez à prévoir un espace où le professionnel pourra s’installer pour contrôler les documents comptables et à lui envoyer tous les éléments nécessaires dans le cadre de sa venue. Pensez à revoir votre organisation afin de dédier du temps au contrôleur. Enfin, si vous ne vous sentez pas capable de préparer tout cela seul ou que vous êtes inquiet, vous pouvez vous faire accompagner par votre expert-comptable.

Quels risques en cas de contrôle fiscal pour un commerce électronique ?

Si le contrôle fiscal révèle des manquements, des intérêts de retard et des majorations de l’impôt seront sans doute demandés.

Par exemple :

  • 10 % : en cas de simple oubli ou de retard, si l’entreprise n’était pas dans l’intention de frauder ;
  • 40 % : en cas d’oubli volontaire afin de ne pas payer l’impôt ;
  • 80 % : lorsque des fraudes plus importantes sont constatées.

Certains délits entraînent également des amendes spécifiques. 

En cas de non-déclaration de comptes bancaires à l’étranger, les sanctions financières peuvent aller jusqu’à 1,5 million d’euros.

Si la fraude est caractérisée, le gérant risque des sanctions plus lourdes. Une procédure pénale peut être enclenchée. Les peines vont alors de 500 000 € d’amende (ou plus en cas de suspicion d’action en bande organisée) et jusqu’à 5 ans d’emprisonnement. Des peines complémentaires peuvent également être prononcées, comme l’interdiction de créer une nouvelle entreprise.

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Loi anti-fraude TVA : les entreprises qui vendent en ligne sont-elles concernées ?

Depuis 2018, la loi anti-fraude TVA oblige l’équipement d’un logiciel ou d’un système de caisse conforme aux entreprises assujetties à la TVA vendant à des particuliers, c’est à dire « satisfaisant aux conditions d’inaltérabilité, de sécurisation, de conservation et d’archivage des données ». 

Le but de la loi anti-fraude TVA ? Empêcher la modification de données directement dans les logiciels de caisse et réduire ainsi le nombre de fraudes à la TVA.

Un logiciel certifié doit ainsi : 

  • empêcher la suppression de factures ;
  • permettre la modification de factures uniquement en utilisant un avoir ;
  • empêcher la création de factures antidatées ;
  • vérifier la numérotation et la chronologie des factures et avoirs ;
  • mettre en place des clôtures journalières, mensuelles et annuelles des factures ;
  • permettre de télécharger une archive fiscale, à présenter en cas de contrôle ;
  • permettre de créer des factures en indiquant les bonnes informations*, au minimum Nom/Prénom et Code Postal pour un particulier ;
  • certifier à la fois les facturations aux clients assujettis et aux non-assujettis à la TVA ;
  • permettre d’accéder à la documentation technique et aux différents tests de la solution à l’administration en cas de contrôle.

⚠️ Pour vous assurer de la conformité de votre logiciel d’encaissement, vérifiez si un certificat a été délivré par un organisme accrédité ou demandez une attestation à l’éditeur de votre logiciel.

Les entreprises qui vendent des biens à distance sont dans l’obligation de fournir des factures à leurs clients. Celles-ci doivent aussi respecter la loi anti-fraude TVA.

FAQ sur le contrôle fiscal et la vente en ligne

Le processus débute par la réception d’un avis de vérification envoyé par courrier recommandé, indiquant l’identité de l’inspecteur et la date du contrôle. L’administration dispose alors de six mois maximum pour analyser votre comptabilité informatisée et vos transactions en ligne.

L’inspecteur examine minutieusement vos fichiers d’écritures comptables (FEC) et vos données de ventes sur plateformes. Les contrôleurs portent une attention particulière aux flux financiers entre vos comptes bancaires et les plateformes de paiement comme PayPal ou Stripe. Ils vérifient la cohérence entre vos déclarations TVA et vos ventes réelles.

Durant cette phase, vous devez fournir tous les documents comptables demandés : relevés bancaires, factures clients, contrats avec les transporteurs et justificatifs de vos achats de marchandises. La conformité fiscale de votre activité e-commerce est étudiée, notamment le respect des seuils de TVA intracommunautaire et la bonne application des taux selon vos produits vendus.

Cette procédure permet aux inspecteurs de mener leur analyse depuis leurs bureaux sans se déplacer dans les locaux de la société. Contrairement au contrôle classique, l’examen s’appuie exclusivement sur le Fichier des Écritures Comptables (FEC) transmis en format dématérialisé.

Les autorités fiscales bénéficient d’un délai identique de six mois pour analyser les données comptables informatisées. Cette méthode s’avère particulièrement adaptée aux activités de vente en ligne, où les transactions sont naturellement digitalisées. L’objectif principal est le même : vérifier la cohérence entre les déclarations et la situation financière de l’entreprise.

Ce dispositif présente alors l’avantage de limiter les perturbations au sein de l’activité quotidienne de l’entreprise. 

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