Les questions les plus posées sur la comptabilité e-commerce

Comme pour toute activité commerciale, vous devez répondre à plusieurs obligations comptables et fiscales : 

  • déclarer son activité 
  • choisir un statut juridique et fiscal 
  • enregistrer l’ensemble de vos opérations : achats et dépenses de manière chronologique 
  • produire un bilan annuel et un compte de résultat 
  • respecter les obligations fiscales en matière de TVA concernant les ventes UE ou hors UE 

L’une des plus grandes spécificités réside dans la gestion des encaissements multiples en ligne via des cartes bancaires ou des virements.  

Heureusement, aujourd’hui, les logiciels de comptabilité facilitent la gestion et permettent d’automatiser un certain nombre de tâches. Cela évite les erreurs de saisie manuelle et les plateformes sont généralement synchronisées au compte bancaire de l’entreprise pour que les gérants visualisent l’état de leurs finances de manière autonome.

Voici quelques conseils pour gérer sereinement votre activité de vente en ligne : 

  • garder toutes les pièces comptables : devis, factures, et classer les rigoureusement pour les retrouver rapidement en cas de contrôle ; 
  • anticiper votre TVA ; 
  • détenir un compte bancaire dédié à l’activité afin de dissocier flux personnels et professionnels ; 
  • assurer un suivi régulier de vos finances, ne pas attendre le bilan annuel pour savoir où vous en êtes ; 
  • dans un secteur qui évolue sans cesse, se tenir informé des évolutions légales et fiscales ; 
  • automatiser les tâches répétitives et utiliser des outils qui vous font éviter des erreurs ; 
  • définir et observer régulièrement vos indicateurs de performance 

⚠️ L’année 2026 sera marquée par l’arrivée de la facturation électronique. Ce bouleversement aura lieu par étapes. Dans un premier temps, dès le mois de septembre 2026, les entreprises devront être en capacité de recevoir des factures électroniques. Bonne nouvelle ! Chez Amarris e-commerce, notre plateforme est déjà agréée* et vous pourrez dès septembre recevoir vos factures électroniques. 

*la plateforme comptable Amarris est déjà prête et agréée par Serensia/ Qwadient. 

Le compte 701 enregistre exclusivement les ventes de produits finis que vous fabriquez ou transformez vous-même, tandis que le compte 707 concerne les marchandises achetées puis revendues sans modification. 

Prenons un exemple : si vous vendez des bijoux artisanaux créés dans votre atelier, vous utiliserez le compte 701. Par contre, si vous revendez des accessoires de mode achetés chez un grossiste, le compte 707 s’impose.  

Cette distinction permet aux administrations fiscales de mieux comprendre votre modèle économique et facilite vos déclarations. 

Excel reste techniquement possible pour débuter une comptabilité e-commerce, surtout avec un volume de transactions limité. Cet outil offre une solution économique pour enregistrer les ventes, achats et charges courantes. 

Mais, certaines limites apparaissent rapidement : 

  • Risques d’erreurs manuelles lors de la saisie des données 
  • Absence de connexion automatique avec vos plateformes de vente 
  • Difficultés pour gérer la TVA intracommunautaire et les taux multiples 
  • Impossibilité de générer un fichier d’écritures comptables (FEC) conforme 

Dès que votre activité e-commerce se développe, Excel devient chronophage et le risque d’erreurs devient trop élevé.

Les services proposés par les cabinets en ligne et les cabinets de proximité sont généralement assez proches : le suivi comptable annuel de leurs clients. Mais ce sont les modalités de collaboration qui diffèrent. Alors qu’un cabinet de proximité accompagne ses clients lors de rendez-vous physiques, un cabinet comptable en ligne propose un suivi 100% digital avec appels, visios, et accès à un logiciel comptable pour faciliter les échanges d’informations et automatiser un certain nombre de tâches. Ainsi, tout dépend du mode de fonctionnement souhaité par l’entrepreneur.

A noter : côté tarifs, les cabinets en ligne proposent généralement des tarifs moins élevés.

Suite à l’essor considérable connu par l’e-commerce depuis quinze ans, quelques cabinets comptables se sont spécialisés dans l’accompagnement des vendeurs en ligne et notamment sur Amazon. 

Débits différés, commissions FBA, rapports de vente complexes et gestion des retours clients : être accompagné par un expert-comptable connaissant les particularités de cette plateforme plutôt que par un comptable généraliste peut radicalement changer l’évolution de votre business. Ainsi, nous vous conseillons de questionner très vite votre comptable sur sa connaissance d’Amazon avant de vous engager dans une collaboration avec lui.

Shopify est reconnue pour être l’une des meilleures plateformes de vente en ligne. Mais, il est nécessaire d’appréhender certains aspects de son fonctionnement côté compta. 

Tout d’abord, il faut savoir que les montants versés sur le compte bancaire de l’entreprise par Shopify Payments correspond aux ventes en retenant leurs commissions. Cela complique le rapprochement bancaire entre les ventes et les versements. De plus, les versements sont faits 2 à 5 jours après la vente, cela crée un décalage entre le chiffre d’affaires comptable et la trésorerie réelle. 

Exemple concret de flux sur une vente de 100 € TTC : 

  • Jour J : commande client de 100 € 
  • J+1 : expédition et capture du paiement 
  • J+3 : versement Shopify de 97,30 € (après commission 2,4 % + 0,30 €) 
  • J+15 : éventuel remboursement client impactant la trésorerie 

Aussi, la vente en plusieurs devises entraine des différences de conversion à comptabiliser et la gestion des remboursements occasionne aussi des flux à régulariser.

Votre régime d’imposition va dépendre principalement du choix de votre structure juridique et de votre chiffre d’affaires annuel. 

Pour une micro-entreprise, le seuil reste fixé à 188 700 € pour la vente de biens avec un abattement forfaitaire de 71% en 2026. Au-delà, vous basculez automatiquement vers le régime réel avec davantage de documents comptables à fournir chaque année.  

Les sociétés (SARL, SAS) peuvent choisir entre l’impôt sur le revenu et l’impôt sur les sociétés. Mieux vaut réaliser une analyse adaptée à votre situation pour évaluer l’option présentant le plus d’intérêt pour votre société. 

Concernant la TVA UE, depuis le 1er juillet 2021, lorsque le seuil de 10 000 euros de chiffre d’affaires est franchi, elle doit être payée aux différents pays selon le taux qui s’applique dans chacun d’entre eux. Pour faciliter son paiement, une déclaration est faite via le guichet unique OSS.

Premièrement, nous vous conseillons de vérifier que votre expert-comptable est bien inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables. Pour cela, c’est très simple, il vous suffit de chercher son nom sur le site officiel du Conseil National de l’Ordre des Experts-Comptables

Ensuite, assurez-vous qu’il connaît votre secteur d’activité, les particularités de celui-ci (TVA intracommunautaire, commissions des plateformes, gestion des retours clients) et les outils que vous utilisez comme Shopify ou Amazon. Il doit comprendre également comment fonctionne votre business, quels sont vos leviers de croissance pour vous aider à prendre les bonnes décisions. Il doit cerner comment améliorer votre rentabilité au regard de vos atouts et de vos contraintes. Pour bien piloter une activité en ligne, il faut pouvoir déterminer des indicateurs fiables et les confronter au terrain. 

Les solutions tech évoluant constamment, votre expert-comptable e-commerce doit avoir une réelle curiosité pour le digital et les possibilités liées à l’IA. 

Evidemment, votre expert-comptable doit pouvoir se montrer réactif lorsque vous avez besoin d’un conseil urgent. 

Enfin l’année 2026 marque un tournant pour la comptabilité avec l’arrivée de la facturation électronique. Assurez-vous que votre expert-comptable e-commerce est en capacité de vous accompagner dans ce changement. 

Vous avez une idée d’activité de vente à distance ? Bonne nouvelle : ce secteur est loin de connaître la crise puisqu’en 2025 le chiffre d’affaires de la vente en ligne en France augmentait de 7%, il pesait ainsi 200 milliards d’euros*. 

Avant de voir vos premiers paniers se remplir, de nombreuses actions sont à réaliser. Les voici dans les grandes lignes : 

1 – réaliser une étude de marché 

2- écrire un business plan 

3- rechercher des produits et des fournisseurs 

4- concevoir votre site web 

5- organiser la livraison des produits 

6 – élaborer une stratégie marketing 

7 – déclarer votre activité 

Votre projet est ambitieux, vous savez qu’il peut rapidement prendre de l’ampleur ? Faites vous accompagner par un professionnel dès le début de votre activité, vous pourrez ainsi vous concentrer pleinement sur votre coeur de métier. 

*Source : Fevad  

5 piliers guident les e-commerçants dans leurs décisions opérationnelles et financières : 

  • Client : besoins, habitudes d’achat et optimisation du parcours utilisateur ; 
  • Contenu : qualité des descriptions produits et expérience digitale proposée ; 
  • Commerce : gestion des moyens de paiement et des flux de trésorerie ; 
  • Communication : stratégies marketing et relation client ; 
  • Comptabilité : un élément souvent négligé malgré son rôle déterminant dans la santé financière de votre site e-commerce. 

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